I- DEFINITION – EPIDEMIOLOGIE :

✵ L'hépatite traduit l'atteinte primitive du foie en rapport avec des virus hépatotropes avec possibilité de manifestations cliniques extra-hépatiques.
✵ Elle est due à 6 virus classés en 2 catégories:
􀂘 Virus 'A' et 'E' dont la transmission est orale (digestive) et qui sont responsables de maladies aiguës.
􀂘 Virus B, C et D dont la transmission est parentérale (inoculation par le sang.) L'hépatite D accompagne la B. Pour l'hépatite C, elle est généralement asymptomatique et plus fréquemment anictérique.

􀂘 Récemment, on a isolé le virus G.
✵ Chaque virus entraîne une réponse sérologique spécifique.

II- L'HEPATITE VIRALE A:

✵ Elle est due à un virus à ARN non enveloppé.
✵ Le réservoir est humain.
✵ La contamination est digestive (orale.) Elle est due aux mauvaises conditions d'hygiène.
✵ Elle touche l'enfant et l'adulte jeune (en dessous de 16 ans.)
✵ Elle est endémo-épidémique, contagieuse et à déclaration obligatoire.

A- Clinique: 

L'hépatite Virale A 'HVA' est généralement bénigne. Elle est toujours aiguë, il n'y a pas de formes chroniques.
Les formes asymptomatiques sont les plus fréquentes (90%.) Dans les 10% restantes :
∗ L'incubation est de 2 à 6 semaines.
∗ La phase pré-ictérique: dure entre 7 et 10 jours et elle est caractérisée par:
- Un syndrome pseudo-grippal avec fièvre, céphalées, myalgies, arthralgies et urticaires.
- Des signes digestifs avec nausées et vomissements, anorexie et douleurs abdominales.
- Une asthénie intense.
∗ La phase ictérique: Caractérisée par l'apparition d'un ictère d'abord conjonctivale puis généralisé accompagné de selles décolorées et d'urines foncées.
∗ L'évolution est favorable et la guérison est spontanée en 10 jours. Elle confère une immunité solide.

B- Biologie: Marquée par:

✵ Un syndrome de cytolyse hépatique avec augmentation des Transaminases hépatiques (ASAT ou TGO et ALAT ou TGP.)
✵ Fer sérique augmenté.
✵ Un syndrome de rétention biliaire avec hyperbilirubinémie à prédominance de bilirubine conjuguée.
✵ Une choléstase intra ou extra-hépatique avec Phosphatases alcalines augmentées.
✵ Pas de signes d'insuffisance hépato-cellulaire.

C- Diagnostic sérologique:

 Recherche les IgM et les IgG anti-HVA. Les IgG persistant plusieurs années.

D- Prévention:

∗ Pas de traitement curatif.
∗ Mesures d'hygiène individuelles et collectives.
∗ Vaccinothérapie non obligatoire en 2 injections à 1 moins d'intervalle avec rappel après 12 mois.

III- L'HEPATITE VIRALE E:

✵ Elle est due à un virus à ARN.
✵ La contamination est digestive.
✵ La transmission est rarement directe manuportée, elle est surtout indirecte hydrique.
✵ Elle touche les adultes et plus les hommes que les femmes.
✵ Elle est endémo-épidémique, de découverte récente en 1990.

A- Clinique:

 Elle est pratiquement identique à l'HVA, il n'y a pas de formes chroniques.
∗ L'incubation dure 40 jours en moyenne.
∗ La forme aiguë est très souvent ictérique.
∗ L'évolution est bénigne mais les formes graves sont possibles surtout pour les femmes enceintes au 3e trimestre.

B- Biologie: 

Identiques à l'HVA, l'insuffisance hépatique est rare.

C- Diagnostique sérologique: 

Actuellement, il n'y a pas de test sérologique de dépistage.

D- Prévention:

∗ Pas de traitement curatif.
∗ Mesures d'hygiène individuelle et collectives.

IV- L'HEPATITE VIRALE B ET D:

✵ L'HVB est due à un virus à ADN enveloppé appelé particule de Dane.
✵ La contamination est parentérale (par le sang ou un de ses dérivés) ou materno-foetale en péri-natal (3e trimestre, accouchement et allaitement.)
✵ Le virus est retrouvé dans la salive (lésions buccales) et dans les sécrétions génitales (MST.)
✵ L'HVB est fréquente avec des ondes de haute prévalence (Afrique sub-saharienne), de moyenne prévalence (bassin méditerranéen) et de basse prévalence (Europe.)

A- Clinique: 

L'HVB est d'un extrême polymorphisme. Son expression dépend de l'état immunitaire du sujet. La forme
aiguë commune est analogue à l'HVA:
∗ L'incubation dure entre 1 et 6 mois.
∗ La phase pré-ictérique: Peut durer jusqu'à 3 semaines. Les symptômes sont surtout marqués par une asthénie physique, psychique et intellectuelle.
∗ La phase ictérique ressemble à celle de l'HVA avec arthralgies et urticaires.
∗ L'évolution se fait spontanément vers la guérison, elle est cependant plus longue (4 à 8 semaines.) Elle peut aussi se faire vers la chronicité avec des formes graves fulminantes d'emblée ou secondairement aggravées (90% de mortalité) associant:
✵ Un tableau d'encéphalopathie.
✵ Un syndrome hémorragique cutanéo-muqueux.
✵ Une hypoglycémie.

B- Biologie: 

Elle est identique à l'HVA avec une augmentation extrême des Transaminases hépatiques.

C- Diagnostic sérologique: 

Recherche les Antigènes HBC ou les Anticorps anti-HBC.
∗ La présence d'IgM anti-HBC traduit une infection aiguë.
∗ La présence d'AG HBE signe la croissance virale et la contagiosité.
∗ La persistance de ces AG HBE signe l'aggravation.
∗ La présence des AC anti-HBE signe la bonne évolution.
∗ Les AC anti-HBS ne sont pas utilisés car ils apparaissent tardivement. Ils signent la guérison.

D- Prévention:

∗ Pas de traitement curatif pour les formes aiguës. Traitement symptomatique pour les formes graves. Bithérapie ou traitement par l'Interféron α après biopsie hépatique pour les formes chroniques.
∗ Mesures d'hygiène et précaution.
∗ Dépistage systématique des AG HBS pour tout don de sang.
∗ Vaccinothérapie pour les personnes à risques (surtout hospitalier) en 3 inj. A 1 mois d'intervalle avec rappel à 1 an.
Pour L'HVD:
✵ Elle est due à un virus à ARN qui devient pathogène lorsqu'il rencontre l'AG HBS (enveloppe) du virus B ou lorsqu'il y a surinfection.
✵ Son diagnostic repose sur la recherche des IgM anti-HVD.
✵ Il n'a pas de traitement curatif.
✵ La prévention consiste à se protéger contre l'HVB.

V- L'HEPATITE VIRALE C:

✵ Elle est due à un virus à ARN.
✵ La contamination est identique à celle du virus B.
✵ La transmission sexuelle et péri-natale est moins fréquente.

A- Clinique:

∗ L'incubation est en moyenne de 4 à 6 semaines.
∗ L'ictère est retrouvé une fois sur 4. Le début est même asymptomatique ou peu symptomatique.
∗ L'évolution se fait vers la chronicité dans 50% des cas.

B- Biologie: 

Identique à celle de l'HVA avec des Transaminases augmentées pendant plus de 6 mois.

C- Diagnostique sérologique:

 Il n'y a pas de test pour détecter les IgM anti-HVC.

D- Prévention:

∗ Pas de traitement curatif pour les formes aiguës. Bithérapie pour les formes chroniques.
∗ Mesures d'hygiène.

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I- INTRODUCTION:

Elles représentent un problème de santé publique en raison de leur fréquence élevée dans le monde ainsi qu'en raison des,complications et des séquelles qu'elles entraînent (stérilité, grossesse extra-utérine, cancer du col, infections congénitales.) De plus, nombre d'entre elles augmente le risque de transmission du VIH. Elles sont dues aussi bien à des bactéries qu'à des virus,
des protozoaires et des parasites. Elles ont dans la majorité des cas une thérapeutique.

II- ETIOLOGIE:

A- Bactérienne:

1. Le gonocoque ou 'Neisseria gonorrhea': Entraîne des gonococcies marquées chez la femme par une cervicite,une vulvo-vaginite et une urétrite avec comme complications, des abcès des glandes de Bartholin et une salpingite(cause de stérilité et de GEU.) Chez l'homme, il est responsable d'urétrite aiguë avec comme complications une prostatite et une épididymite. Chez le nouveau-né né de mère infectée au moment de l'accouchement, il donne une conjonctivite néonatale.
✵ Dans la phase aiguë, l'écoulement est purulent.
✵ Dans la phase chronique, l'écoulement est clair, voire inexistant.
2. La 'Chlamydia trachomatis': Est responsable de la MST la plus fréquente. C'est une bactérie pathogène
intracellulaire causant chez la femme une urétrite ou une cervicite compliquée d'endométrite ou de salpingite avec comme séquelles des complications tubaires, la stérilité. Chez l'homme, elle donne une urétrite compliquée de prostatite,ou d'épididymite avec également comme séquelles la stérilité. Pour le nouveau-né, elle cause une conjonctivite et des
pneumopathies après passage dans la filière génitale.
✵ Pour l'homme, l'écoulement est discret et clair.
✵ Pour la femme, l'écoulement est muco-purulent voire purulent si d'autres bactéries s'y associent.
3. Le 'Treponema pallidum': Il est responsable de la syphilis qui se transmet par contact direct des muqueuses,génitales ou d'abrasions cutanées. La multiplication a lieu au niveau de la porte d'entrée (génitale.) Et provoque la formation d'un chancre primaire apparaissant 10 jours à 3 mois après l'inoculation, persistant 3 semaines et guérissant spontanément. Il est indolore, repose sur une base souple et il est le siège d'une sérosité claire très riche en Tréponèmes, c'est la Syphilis primaire (le diagnostic direct repose sur l'examen des sérosités.) Survient ensuite une période asymptomatique durant 6 semaines à 6 mois. Au-cours de la Syphilis secondaire, les lésions touchent différents organes, la peau et les muqueuses. A ce stade, tous les tests sérologiques sont positifs. Cette période dure 6 semaines puis régresse spontanément. La maladie retraverse une phase asymptomatique, c'est la Syphilis latente qui dure des années aboutissant à la Syphilis tertiaire marquée surtout par une atteinte cardiaque et neurologique.
Lorsque la syphilis touche la femme enceinte, on retrouve diverses manifestations cliniques à la naissance d l'enfant, c'est la Syphilis congénitale (contamination in-utéro.)
4. L'Hémophilus de Ducrey': Donne le chancre mou, ulcération des organes génitaux avec adénopathie inguinale suppurée. Ce chancre est douloureux, siège d'un exsudat purulent, il est fréquemment multiple mais ce tableau typique peut être absent et l'ulcération peut être confondue avec le chancre syphilitique ou l'herpès génital.
5. Les bactéries responsables de vaginite: La vaginose représente la forme la plus fréquente des Leucorrhées chez la femme en age de procréer. On peut retrouver outre les pertes abondantes, une odeur fétide, une dyspareunie et parfois un prurit. Les leucorrhées sont le plus souvent grisâtres mais parfois jaunâtres ou verdâtres. On peut retrouver
des germes comme 'Gardenerella vaginalis', 'Mobiluncus' et 'Mycoplasma hominis'.
6. De nombreuses autres bactéries peuvent être associées, des cocci gram positifs (Streptocoque B responsable d'infections néonatales), des entérobactéries (E. coli) et des Corynebactérium.

B- Virales:

1. L'Herpès simplex 2:

 La primo-infection se traduit par des lésions génitales étendues (vésicules) s'ulcérant facilement
avec douleurs, fièvre et dysurie. Les récurrences sont moins bruyantes que la primo-infection.
L'enfant né avec un herpès néonatal d'une mère infectée peut présenter des complications graves.

2. Le 'Papilloma virus': 

Entraîne des condylomes (tumeurs généralement bénignes) Et certains sérotypes sont
responsables de carcinomes.

3. Le 'Pox virus': 

Responsable du molluscum contagiosum, ce sont de petites verrues bénignes siégeant dans la peau
et les muqueuses.

4. Le VIH.

C- Levures: 

On cite la 'Candida albicans' responsable de la vaginite à Candida avec chez la femme, leucorrhée
abondante et blanchâtre, épaisse avec oedème et prurit et chez l'homme mycose des organes génitaux, rougeur et prurit.

D- Protozoaires:

 Essentiellement le 'Trichomonas vaginalis' entraînant une vaginite avec écoulement verdâtre et prurit
chez la femme. Et chez l'homme une infection asymptomatique ou très discrète à type de brulure mictionnelles disparaissant spontanément.

E- Parasitaires telle la gale et le pou du pubis.

III- DIAGNOSTIC:

A- Le diagnostic direct: 

Après prélèvement de la lésion (pus, sérosité, leucorrhée.)
1. L'examen microscopique:
✵ A l'état frais, Candida albicans et Trichomonas vaginalis.
✵ Après coloration au bleu de méthylène, urétrite gonococcique chez l'homme.
✵ Après coloration de Gram, vaginite, urétrite et Hémophilus de Ducrey.
✵ Microscope à fond noir, Tréponème pâle.
✵ IFD, Chlamydia trachomatis et Herpès simplex 2.
2. Culture:
✵ Gélose chocolat pour gonocoques, bactéries responsables de vaginite.
✵ Milieu spécial pour le Mycoplasme.
✵ Pas de culture pour Tréponème.
✵ Culture cellulaire pour Chlamydia trachomatis et Herpès simplex 2.
✵ Milieu de Sabouraud pour Candida.
✵ Hybridation (technique de biologie moléculaire) pour Papilloma virus.

B- Le diagnostic indirect ou sérologique:

 Utilisé au-cours de la syphilis, le VIH et les infections profondes à Chlamydia
trachomatis (salpingite, prostatite.)

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I- HABITAT :

Les Pseudomonas vivent dans l’eau, le sol humide et sur les végétations. Ils peuvent être saprophytes. Ce sont des germes
commensaux du tube digestif humain et de certains animaux.

II- MORPHOLOGIE ET CARACTERES CULTURAUX :

Ce sont des BGN de 1 à 3 Nm de long et de 0.5 à 1 Nm de large recouverts d’une pseudo-capsule.
Ils poussent sur milieu ordinaire en aérobiose, dégagent une odeur aromatique caractéristique. Il existe des milieux sélectifs
comme le milieu de Drigalski et celui de Cetrimide. On ajoutant à ces milieux de l’eau et de l’Acide Nalidixique, on obtient :
• Des colonies ‘La’ isolées grandes avec un centre bombé, un contour irrégulier et un aspect métallique.
• Des colonies ‘Small’, petites, légèrement bombées, à bord supérieur régulier et d’aspect mâte.
• Des colonies ‘M’ (muqueuses) visqueuses et coulantes, légèrement bombées et d’aspect opaque (ressemblants à une
colonie de Klebsielles souples.) Ces colonies se voient dans les infections à Pseudomonas aéruginosa surtout
urinaires et pulmonaires. Elles produisent de l’Alginate.
Les pigments synthétisés par les Pseudomonas permettent de les diviser en 2 groupes ; Les «fluorescents» et les «non
fluorescents» (élément essentiel dans le diagnostic différentiel des Pseudomonas.)
• La pyoverdine : c’est un pigment jaune vert fluorescent, soluble dans l’eau et insoluble dans le Chloroforme. Il est mis
en évidence dans le milieu de King.B. Il est inhibé par le Na+ et favorisé par les milieux carencés en Fe.
• La pyocyanine : Bleue, soluble dans l’eau et le Chloroforme. La seule espèce pouvant la synthétiser est le
Pseudomonas aéruginosa. Elle est mise en évidence par le milieu de King.A. Elle est inhibée par le Na+ et le P.
• 5% des souches sont apigmentées (chez les malades chroniques traités par les antibiotiques.)
• Il existe des souches mélanogènes (mises en évidence dans les lésions purulentes.)
• Il existe aussi des souches érythrogènes qui synthétisent la pyorubine (rouge.)
L’identification bactériologique est très facile :
- Oxydase +. - Température de croissance de 40°c.
- ADH +.
- L’oxydation des sucres se fait avec production d’acide et de CO2.
- Les Pseudomonas respirent les nitrites. - La galerie biochimique doit être faite à 30°c.

III- PRODUITS ELABORES PAR LES PSEUDOMONAS :

A- Hémolysine :
∗ La phospholipase C est un glycolipide qui a un rôle dans les réactions inflammatoires cutanées.
∗ Les protéases sont des facteurs de virulence du Pseudomonas aéruginosa.
B- L’exotoxine A : Analogue à la toxine diphtérique, elle est synthétisée par 30% des souches non lysogènes.
C- L’exoenzyme S.
D- La cytotoxine : Présente dans 95% des souches.
E- L’entérotoxine : Incriminée dans l’entérocolite à Pseudomonas.
F- Le facteur de perméabilité vasculaire.

IV- POUVOIR PATHOGENE :

Le Pseudomonas est une bactérie opportuniste incriminée dans :
A- Les infections pulmonaires : Mucoviscidose.
B- Les infections uro-génitales.
C- Les infections ostéo-articulaires : Constituent 20% des arthrites et 10% des ostéites sur matériel.
D- Les infections oculaires : Fente purulente de l’oeil.
E- Les infections ORL : Otite maligne des diabétiques et otite externe des plongeurs.
F- Les infections méningées : Constituent 2% de l’ensemble des méningites et 10% des méningites postneurochirurgicales.
G- Les infections cutanées : Onyxis et péri-onyxis. Eczéma chez les grands brûlés.
H- L’entérite.
I- L’endocardite à Pseudomonas.
La source de contamination est l’eau et l’environnement hospitalier à une concentration de 107/ml
Le vecteur est tout support inerte, mains des visiteurs et gens de l’hôpital surtout en réanimation.
Les marqueurs épidémiologiques sont :
• La sérotypie : Habs a décrit 17 sérotypes à partir de l’AntiGène O. Ces sérotypes n’ont pas de dénomination.
L’Antigène H a un grand intérêt car il diminue les souches antigroupables.
• La lysotypie : Se fait à l’aide de 17 bactériophages.
• La pyocinotypie : Il existe 2 pyocines.

V- TRAITEMENT ET PROPHYLAXIE :

A- Sensibilité aux antibiotiques : Le Pseudomonas aéruginosa est résistant à beaucoup d’antibiotiques par 3
mécanismes :
- Imperméabilité. - Modification de l’affinité pour la cible.

antibiotiques qui restent encore actifs sur le Pseudomonas aéruginosa sont les CarboxyPénicillines tels la Ticacilline,
l’Azlocilline, la Piperacilline, la Céfzulodine, la Céftazidine et l’Imipenem.
Les associations qu’on préconise sont à base de β Lactamines et d’Aminoside comme l’Amikacine.
Pseudomonas aéruginosa est résistant à l’Acide Nalidixique mais il reste sensible aux nouvelles Fluoroquinolones telle la
Pefloxacine, à la Colimycine et à la Fosfomycine.
B- Vaccination : Il existe des vaccins faits de mélange de 7 sérotypes.

VI- AUTRES PSEUDOMONAS :

A- Pseudomonas malleï : C’est une espèce immobile responsable d’une maladie d’équidés appelée Morve. Elle est
transmissible à l’homme.
B- Pseudomonas pseudo-malleï : Appelé encore ‘Bacille de White More’, Il a une expression clinique très variée

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I- INTRODUCTION:

Le Virus d’Immunodéficience Humaine comprend 2 types, le VIH1 et le VIH2 qui sont tous 2 responsables en pathologie

humaine du SIDA. Le diagnostic biologique est confirmé grâce à la mise en évidence des AntiCorps ‘AC’ antiVIH.

Les 1ers cas de Sida ont été évoqués en 1982. L’étiologie virale a été confirmée par Luc Montagnier en 1983 et ce n’est qu’en

1986 que le virus en cause a été identifié et nommé VIH.

II- DESCRIPTION DU VIRUS :

Le VIH appartient à la famille des ‘Rétroviridae’ qui possède une reverse transcriptase (transcrit l’ARN en AND). Cette famille

compte 3 genres :

• Oncornavirus : Appelés virus transformant qui sont le HTLV1 et le

HTLV2.

• Lentivirus : Entraînant une cytolyse et qui sont le VIH1 et le VIH2.

• Spumavirus.

Ces différentes structures jouent un rôle très important dans

l’inféctiosité du virus et sont utilisées pour la confirmation

de l’infection à VIH.

L’infection à VIH est à transmission sexuelle et foeto-maternelle.

III- CYCLE DE MULTIPLICATION :

➨ Après la pénétration du virus dans l’organisme, la GlycoProtéine

120 ‘Gp120’ va interagir avec le CD4 qui est un récepteur spécifique

des Lymphocytes.

➨ Cette interaction provoque une modification conformationnelle de la Gp120 qui permet la fusion entre le virus et la

membrane cellulaire et donc la pénétration du virus à l’intérieur de la cellule.

➨ Le virus libère alors l’ARN qui sera transcrit en AND grâce à la transcriptase inverse.

➨ Cet ADN va soit s’intégrer avec le génome cellulaire, c’est la ‘période de séropositivité’, soit se répliquer et donner

plusieurs génomes qui formeront les virions. Ceux-ci éclateront la cellule et coloniseront d’autres cellules et le cycle

reprends.

La transcriptase inverse entraîne des erreurs de lecture du fait de sa ‘variabilité génétique’. D’où l’impossibilité de trouver un

vaccin.

Le VIH1 possède 3 groupes :

􀂘 Le groupe M a 10 sérotypes et il est universel.

􀂘 Le groupe O et le groupe N sont sans sérotype et sont spécifiques du Cameroun.

Le VIH2 n’est présent qu’en Afrique de l’Ouest et présente 5 sérotypes (A, B, C, D, E).

IV- DIAGNOSTIC AU LABORATOIR :

A- Le diagnostic direct : 

Il est utopique, c’est l’examen au microscope électronique du virus après culture sur

Lymphocytes.

B- Le diagnostic indirect : 

On prélève du sang sur un tube sec et on centrifuge pour retirer le sérum.

1- La PCR (Polymérase Chaine Réaction) : 

Elle est très sensible et très spécifique du VIH. Elle est très importante

surtout en cas d’infection aiguë comme celle du nouveau-né né d’une mère infectée ou un malade sous

antirétroviraux.

2- L’ELISA (technique immuno-enzymatique) :

 Elle est la plus utilisé mais elle peut donner des ‘faux négatifs’

pendant la phase de fabrication des anticorps (qui dure environ 2 à 3 semaines).

La séropositivité dépends de l’état immunitaire de l’organisme.

D’après l’OMS, il est indispensable et obligatoire d’effectuer 2

ELISA par principes différents (ELISA compétition, ELISA

sandwich, ELISA indirect) pour affirmer ou infirmer la maladie.

􀃎 Si les 2 ELISA sont négatifs et si le malade n’est pas exposé

au risque, on peut affirmer la séronégativité du sujet.

􀃎 Si les 2 ELISA sont discordants ou sont positifs tous les 2,

On ne répond jamais au malade, on doit le confirmer par le

Western Blot.

3- Le WESTERN BLOT:

 Il a l’avantage de mettre en évidence les

anticorps antiprotéines spécifiques (Au moins la P25 et les GP

membranaires GP120 et GP41).

􀃎 Si le WB est positif, on affirme l’infection à VIH.

􀃎 Si le WB est négatif, on infirme l’infection.

􀃎 Si le WB est indéterminé (aucune bande), on refait le prélèvement après 3 mois.

V- TRAITEMENT :

Le traitement spécifique associe 2 inhibiteurs nucléosidiques de la reverse transcriptase (Indinavir, Ritonavir, Nelfinavir) avec

un inhibiteur de la protéase.

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I- INTRODUCTION :

Le diagnostic viral est long, fastidieux et coûteux. Il est réservé aux grands centres à grands moyens. Dans les petits
laboratoires, le diagnostic viral est essentiellement indirect. Ce diagnostic peut être intéressant dans plusieurs domaines tels la
recherche scientifique, l’épidémiologie et dans certains cas pour connaître le pronostic d’une maladie.

II- DIAGNOSTIC DIRECT :

C’est l’isolement et l’identification du virus responsable d’une infection.

A- Le prélèvement :

1- Les conditions de prélèvement :
• L’asepsie doit être rigoureuse.
• Le prélèvement doit être effectué le plus rapidement possible (Dés l’apparition des signes cliniques).
2- Le lieu de prélèvement : Il est guidé par la clinique et la pathogénie de l’infection (Grippe : Gorge, Rage :
Salive/LCR/Sang, Rota virus : Selles…).
3- Fiche de renseignement : Chaque prélèvement doit être accompagné d’une fiche de renseignement contenant un
minimum d’informations indispensables pour la conduite du diagnostic et pour son interprétation :
• Nom, prénom et age du malade.
• Site et nature du prélèvement.
• Signes cliniques et leur date d’apparition.
4- Différents types de prélèvement : Rhino-pharyngé, cutané, des selles, du LCR…etc.

B- Le transport : Le prélèvement doit être transporté vers le laboratoire le plus rapidement possible. Sinon, il doit être

conservé au froid (de –20 à +4°c) dans un milieu de transport adéquat. L’addition d’antibiotique évite la pullulation des
bactéries.

C- La culture : Le virus est un micro-organisme parasite stricte, sa culture exige donc des systèmes vivants :

1- Les animaux de laboratoire : Comme le singe, le lapin, la souris, le cobaye…
2- L’oeuf embryonné : Le prélèvement suspect est injecté dans la cavité amniotique ou allantoïque de l’oeuf puis on
surveille l’éventuelle apparition de lésions macro ou microscopiques.
3- La culture cellulaire : On utilise soit des cellules normales (qui supportent 2 à 50 trypsinisations) soit des cellules
continues (cancéreuses). On choisi obligatoirement une cellule permissive et de préférence sensible. Le prélèvement
est injecté dans le flacon contenant les cellules. Après un certain temps, on recherche une apparition éventuelle d’un
‘ECP’ (Effet CytoPathique) qui est différent en fonction des virus ou des familles de virus (Ex : Le virus de la
poliomyélite : A l’état feuille, il donne des cellules arrondies réfringentes se détachent du support. Après coloration au
MGG, il donne des cellules rondes contenant une inclusion éosinophile géante occupant la totalité du cytoplasme et
refoulant le noyau vers la périphérie. Pour le virus de la rougeole, il donne des synticia et ce grâce à la protéine F).

D- L’identification : On utilise les méthodes immunologiques ; La RFC (Réaction de Fixation du Complément),

l’agglutination et l’hémagglutination, l’immunofluorescence directe et indirecte, les méthodes enzymatiques (ELISA) et
le dosage radio-immunologique.
E- L’interprétation.
III- DIAGNOSTIC INDIRECT :
C’est le dosage des anticorps apparaissant lors d’une infection.

A- Le prélèvement : On prélève le sang en fonction du but de la recherche (Un seul prélèvement ou 2 à 15 jours

d’intervalle).

B- La recherche d’anticorps : Soit :

1- Qualitative :Tel les anticorps antiVIH, antihépatite C…
2- Quantitative à la recherche du seuil de positivité.
Les 2 prélèvements doivent être manipulés en même temps et par la même personne.
On peut avoir 3 cas de figure :
􀃎 Résultats négatifs si les anticorps sont absents dans les 2 sérums.
􀃎 Résultats positifs et donc soit séroconversion si les anticorps sont présents dans le 2e sérum et non dans le 1er soit
une augmentation significative des anticorps (S2 = 4xS1 ou plus).
􀃎 On reconnaît la primo-infection par la recherche des IgM. Leur absence signe la réinfection

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Les entérobactéries opposent une résistance naturelle aux Pénicillines G et M, aux macrolides, à la vancomycine.
Certaines d'entre elles sont naturellement résistantes à d'autres molécules : les Proteus et Serratia à la colistine, les Klebsiella et Levinea à l'ampicilline. Ces résistances étant naturelles définissent des phénotypes dits "sensibles" ou "sauvages".
RÉSISTANCES NATURELLES
Résistance aux bêtalactamines

En testant quatre molécules : pénicilline A, carboxypénicilline, céphalosporine de 1ère génération (ou C1G) et céphalosporine de 3ème génération (C3G), on peut définir 4 types de comportement des entérobactéries vis à vis des bêtalactamines.

Groupe	Peni A	Carb	C1G	C3G
1	S	S	S	S	Escherichia coli, Proteus mirabilis, Salmonella, Shigella	Phénotypes sensibles
2	R	R	S	S	Klebsiella, Levinea	Pénicillinase chromosomique
3	R	S	R	S	Enterobacter, Citrobacter Proteus indole +, Serratia, Providencia	Céphalosporinase
4	R	R	R	S	Yersinia enterocolitica	Pénicillinase + Céphalosporinase

Résistance aux autres antibiotiques

Les aminosides, quinolones et phénicolés sont normalement actifs contre les entérobactéries mais les résistances acquises sont fréquentes.

RÉSISTANCES ACQUISES
1° - Par production d'enzymes
- Résistance aux bêtalactamines

C'est surtout en produisant des bêtalactamases que les entérobactéries acquièrent des résistances aux bêtalactamines.

Les pénicillinases (TEM), d'origine plasmidique, rendent les souches qui en produisent résistantes aux péni G, A et aux carbénicillines mais si le niveau de production est élevé, la résistance s'étend aux acyluréido-pénicillines, aux céphalosporines de première et seconde génération (C1G, C2G) et à quelques C3G.

Certaines de ces pénicillinases résistent aux inhibiteurs qui sont alors totalement inopérants : on les appelle TRI (pour TEM résistantes aux inhibiteurs) et les souches productrices sont résistantes aux pénicillines A et aux carboxypénicillines même lorsqu' elles sont associées à ces inhibiteurs.

La production importante de céphalosporinase (céphalosporinase "déréprimée"), d'origine chromosomique, rend les souches résistantes à toutes les bêtalactamines sauf aux carbapénems.

Depuis peu sont apparues, chez Klebsiella pneumoniae surtout, des bêtalactamases à spectre étendu (SHV) d'origine plasmidique qui inactivent toutes les bêtalactamines, sauf certaines C2G et les carbapénems.

Les entérobactéries du groupe 1 et Escherichia coli en particulier expriment parfois une pénicillinase sensible aux inhibiteurs (50% des colibacilles) Il arrive que cette pénicillinase soit abondamment produite (pénicillinase de haut niveau) et dans ce cas les inhibiteurs se révèlent moins efficaces.

Une pénicillinase TRI est présente chez 3% environ des souches d' Escherichia coli

Les entérobactéries du groupe 2 (Klebsiella, Levinea) produisent parfois leur pénicillinase naturelle à un haut niveau.

C'est également principalement mais non exclusivement chez les klebsielles qu'on rencontre les BLSE

Les entérobactéries du groupe 3 (Enterobacter, Citrobacter, Proteus indologènes, Providencia, Serratia) produisent naturellement une céphlosporinase qui peut être déréprimée.

- Résistance aux aminosides

Les enzymes qui hydrolysent les aminosides sont :

·         les aminosides phosphotransférases (APH)

·         les aminosides nucléotidyltransférases (ANT)

·         les aminosides acétyltransférases (AAC)

On peut, en testant les quatre aminosides les plus fréquemment utilisés (gentamicine, tobramicine, nétilmicine et amikacine), définir les phénotypes suivants : G, GT, GTN, TNA et GTNA.

Ces résistances sont parfois difficiles à déceler et il faut une observation attentive et une interprétation correcte des résultats des antibiogrammes.

Les phénotypes résistants sont rares : moins de 3% chez Escherichia coli, Salmonella et Shigella, un peu moins rares chez les Proteus mais deviennent plus fréquents, atteignant 20 à 50%, chez les autres entérobactéries : Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia.

- Résistance aux phénicolés

Une chloramphénicol-acétyl-tranférase (CAT) est responsable de la résistance des entérobactéries aux phénicolés en particulier de certaines souches de Salmonella.

2° - Autres mécanismes
- Imperméabilité ou modification des cibles sont plus rarement cause de résistance chez les entérobactéries :

Une mutation portant sur les porines est cause de résistance à haut niveau chez les Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus indologènes et rarement Salmonella.

Les mutations qui affectent le transport actif des aminosides sont également responsables d'une résistance croisée à ces antibiotiques.

Une mutation affectant l'ADN gyrase détermine une résistance aux quinolones (Klebsiella, Serratia, Citrobacter, Providencia)

Les mutations qui affectent les protéines ribosomales, entraînent une diminution de l'affinité des ribososomes pour les aminosides. De tels mutants sont rarement isolés en clinique

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Les Shigella sont des entérobactéries à faible pouvoir métabolique, toujours immobiles. Elles sont génotypiquement très voisines des Escherichiae.
Les caractères biochimiques et antigéniques permettent de distinguer 4 espèces ou groupes antigéniques dans le genre :

espèce	groupe	nombre de sérotypes	ordre de fréquence
Sh. dysenteriae	A	10	4
Sh. flexneri	B	6	2
Sh. boydii	C	15	3
Sh. sonnei	D	1	1

HABITAT - POUVOIR PATHOGÈNE - ÉPIDÉMIOLOGIE
Les shigelles sont des bactéries strictement humaines. Elles ne font pas partie de la flore intestinale normale ; on ne les trouve que chez les malades, les convalescents et les rares porteurs sains.
Elles sont responsables de l'historique "dysenterie bacillaire" (Shigella dysenteriae) qui décimait les armées en campagne. Actuellement, elles sont la cause, chez l'adulte, de colites infectieuses et chez l'enfant, de gastro-entérites sévères avec diarrhée mucopurulente et sanglante, fièvre et déshydratation. Ces infections surviennent par petites épidémies familiales ou "de cantine". En France, c'est Shigella sonnei que l'on isole le plus souvent.
PHYSIOPATHOLOGIE
Les shigelles envahissent la muqueuse intestinale, pénètrent dans les entérocytes et les détruisent par action vraisemblable d'une toxine. Il s'en suit une importante réaction inflammatoire de la muqueuse qui explique la symptomatologie.
DIAGNOSTIC
Le diagnostic repose sur la mise en évidence de la bactérie par coproculture. Caractères généraux des entérobactéries, nombreux autres caractères négatifs et immobilité permettent l'identification qui est complétée par l'étude de l'équipement antigénique par agglutination à l'aide de sérums spécifiques.
Un sérodiagnostic est possible mais a peu d'intérêt.
TRAITEMENT
Les shigelles sont sensibles aux antibiotiques mais la possibilité de résistances acquises imposent un antibiogramme. Un traitement symptomatique est toujours essentiel.

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Les salmonelles sont des parasites intestinaux des animaux vertébrés qui se disséminent dans la nature par les excréta. Chez les animaux à sang chaud, elles sont souvent pathogènes.
TAXONOMIE
Les salmonelles constituent un genre ne contenant qu'une seule espèce : Salmonella enterica divisée en 7 sous-espèces. La presque totalité (99,8%) des souches responsables d'infestations humaines appartiennent à une sous- espèce également dénommée enterica. On distingue près de 2000 sérovars dans cette sous-espèce, selon leur constitution antigénique. Pour des raisons historiques, car pendant longtemps les sérovars ont été assimilés à l'espèce, on désigne chaque sérovar par un nom rappelant soit son pouvoir pathogène (Salmonella Choleraesuis) soit le nom de la ville du premier isolat (Salmonella London).

L'orthodoxie taxonomique imposerait de désigner les salmonelles par les noms du genre, de l'espèce, de la sous-espèce et du sérovar (qui peut être remplacé par la formule antigénique) :

exemple : Salmonella enterica, subsp enterica, sérovar London

ou Salmonella enterica, subsp enterica, sér 3,10 : l,v : 1,6

Pour simplifier, il est admis de désigner les salmonelles par le nom du genre suivi de celui du sérovar consacré par l'usage, mais ce dernier s'écrit en caractères droits et avec une majuscule :

Salmonella London.

CLASSIFICATION DE KAUFFMANN - WHITE
Cette classification repose sur la détermination des antigènes O, H, et Vi.

·         Les antigènes 0, au nombre de 67, ont la structure polyosidique précédemment décrite. On les détermine par agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums spécifiques. Certains de ces antigènes, qualifiés de "majeurs" caractérisent un groupe de salmonelles : ainsi l'antigène O:4 définit-il le groupe B  (voir tableau).

D'autres antigènes, "mineurs" leurs sont associés mais n'ont guère d'importance diagnostique.

·         Les antigènes H séparent les sérovars à l'intérieur de ces groupes. On les met également en évidence par agglutination sur lame. Les anticorps anti H rendent immobiles les bactéries qui portent sur leurs flagelles les spécificités qui leur correspondent.

Les antigènes H existent sous deux phases qui peuvent coexister ou non chez une même souche :
- La phase 1 est désignée par des lettres minuscules, a, b, c... Au-delà de z, les antigènes portent la lettre z associée à un chiffre.
- La phase 2 est désignée par des chiffres arabes mais certains le sont également par des lettres.
Le procédé "d'inversion de phase" de Svent Gard permet d'isoler l'une des deux phases :
Les bactéries mobiles, cultivées sur une gélose appauvrie en agar (gélose "molle"), envahissent toute la surface du milieu. Si on incorpore à une gélose molle un sérum anti H spécifique d'une des deux phases représentées dans la souche, les bactéries exprimant cette phase sont immobilisées et seuls les éléments de l'autre phase sont capables de diffuser à distance du point d'inoculation où il est possible de les isoler.

·         L'antigène Vi n'existe que chez trois sérovars (S.Typhi, S.Para C, S.Dublin). Sa présence peut masquer l'antigène O, rendant la souche "O inagglutinable". Cette inhibition peut être levée en chauffant la souche à 100° C, car l'antigène Vi est thermolabile.

Extrait du tableau de Kauffmann-White

Groupes	Sérovars	Antigène O	Vi	Antigène H phase 1 phase 2
A	Paratyphi A	1,2,12		a	-
B	Paratyphi B	1,4,5,12		b	1,2
	Wien	1,4,12,27		b	l,w
	Saintpaul	1,4,12,27		e,h	1,2
	Typhimurium	1,4,5,12		i	1,2
	Brandenburg	1,4,12		l,v	e,n, z15
	Agona	1,4,12		f,g,s	-
	Derby	1,4,12		f,g	-
C	Paratyphi C	6,7	+	c	1,5
	Virchov	6,7		r	1,2
	Infantis	6,7		r	1,5
	Bovismorbificans	6,8		r	1,5
	Goldcoast	6,8		r	l,w
D	Typhi	9,12	+	d	-
	Enteritidis	1,9,12		g,m	-
	Panama	1,9,12		l,v	1,5
	Dublin	1,9,12	+	g,p	-
	Gallinarum	1,9,12		-	-
E	London	3,10		l,v	1,6
	Anatum	3,10		e,h	1,6
	Give	3,10,15		l,v	1,7
	Senftenberg	1,3,19		g,s,t	-
	Meleagridis	3,10		e,h	l,w

CARACTÈRES BACTÉRIOLOGIQUES
Les Salmonelles sont des entérobactéries et en possèdent les caractères généraux.
Elles sont bêtagalactosidase - ,uréase - , indole - , lactose - , H2S +, citrate +.
Certains sérovars ont des caractères particuliers.
POUVOIR PATHOGÈNE
Les salmonelloses peuvent donner lieu à trois types de manifestations cliniques. 

1. Des formes bactériémiques, strictement humaines, qui sont les fièvres typhoïde et paratyphoïde dues à Salmonella Typhi, Para A, Para B et Para C. Ce sont des bactériémies à point de départ lymphatique.
2. Des toxi-infections alimentaires donnant lieu à des gastro-entérites dues à tous les autres sérovars mais également à Para B et C
3. Des manifestations extra-digestives dans lesquelles divers sérovars sont en cause et qui sont plus fréquentes chez les sujets fragilisés :

• bactériémies non typhoïdiques,
• infections pleuro-pulmonaires,
• atteintes otéo-articulaires : arthrites septiques ou réactives, ostéomyélite, ostéite,
• infections cardio-vasculaires : péricardites, artérites, infections sur prothèses,
• infections urinaires,
• infections abdominales : cholécystites, abcès du foie, abcès de la rate,
• infections du systèmes nerveux central : méningites, abcès du cerveau, hématome sous-dural infecté, abcès épidural

PHYSIOPATHOLOGIE
Les salmonelles ont un pouvoir entéro-invasif et pénétrent dans les cellules de la muqueuse intestinale.
Selon la conception de Reilly, les souches à propagation bactériémique se multiplient dans les ganglions mésentériques et passent dans la circulation sanguine occasionnant la bactériémie ou sont détruites sur place et libèrent l'endotoxine responsable des troubles nerveux et végétatifs de la typhoïde.
ÉPIDÉMIOLOGIE
Les Salmonelles sont éliminées par les matières fécales et résistent bien dans le milieu extérieur. L'homme est contaminé par voie digestive.

Les sérovars responsables des fièvres typhoïdes sont strictement humains et le seul "réservoir de virus" est l'homme lui-même, malade, convalescent ou porteur sain. Ces contaminations interhumaines expliquent la survenue des cas de fièvre typhoïde par petites épidémies ; elles sont directes, autour d'un malade, ou le plus souvent indirectes par ingestion d'aliments souillés par les excréta. Une hygiène alimentaire défaillante augmente donc le risque de survenue de la maladie.

Les sérovars responsables de gastro-entérites sont très répandus dans le monde animal et les animaux domestiques ou d'élevage sont à l'origine des contaminations humaines. L'infestation se fait également par voie digestive, par consommation d'aliments souillés consommés peu cuits : laitages, viandes, oeufs, coquillages, crudités arrosées etc...

Une source d'extension importante, particulièrement en milieu hospitalier, est le contage "manuporté" autour de nourrissons atteints qui éliminent des salmonelles dans les couches.

Les salmonelloses sont plus fréquentes à la fin de l'été ou au début de l'automne, au retour des vacances. Les voyages dans les pays chauds, le mode de vie "près de la nature", la consommation de produits "naturels" ou "du terroir" non aseptisés augmentent les risques d'infestation.

DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
On cherche les Salmonelles, essentiellement par hémoculture ou par coproculture mais d'autres prélèvements peuvent en contenir.
L'identification biochimique doit précéder toute tentative de détermination du sérovar qui se fait par agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums.
Sur des colonies isolées, on recherche d'abord l'antigène O de groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann White, on étudie les spécificités H dans une phase puis dans l'autre. Si on ne peut mettre en évidence qu'une phase, il faut rechercher l'autre par le procédé de Svent Gard ou inversion de phase qui consiste à cultiver la souche sur une gélose molle dans laquelle sont incorporés des anticorps dirigés contre la phase déjà mise en évidence. (voir ci-dessus)
Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de Félix consiste à rechercher les anticorps du malade en présence de suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C. Les anticorps anti O apparaissent les premiers mais disparaissent plus vite, les anticorps anti H persistent plus longtemps. L'analyse des résultats permet de suspecter l'agent causal et de fixer la date de l'infection.
TRAITEMENT
Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques actifs contre les bacilles à Gram négatif. Certaines résistances sont possibles et impliquent la pratique d'un antibiogramme.
Les fièvres typhoïdes sont actuellement traitées par une céphalosporine de troisième génération et en particulier par la ceftriaxone (traitement de référence), mais les fluoroquinolones sont également  utilisées chez l'adulte.
Les gastro-entérites relèvent essentiellement d'un traitement symptomatique comprenant régime et réhydratation. Une antibiothérapie (sulfaméthoxazole-triméthoprime, fluoroquinolones) n'est utile que dans les cas graves.
VACCINATION
Le vaccin TAB (pour Typhi, para A, para B) est constitué d'un mélange de Salmonella Typhi, Paratyphi A et Paratyphi B tuées par la chaleur et le phénol. La vaccination se fait en trois injections avec rappel ; elle est assez mal supportée à cause de la grande quantité d'endotoxine qu'elle apporte et son efficacité est incomplète. Elle n'est obligatoire que pour les sujets exposés (personnel de santé).
Depuis plusieurs années, un vaccin injectable, constitué d'un extrait du polyoside capsulaire Vi purifié de Salmonella Typhi est disponible (Typhim Vi ). Il se pratique en une seule injection, est bien supporté et protège pour une durée de trois à cinq ans. Il est recommandé aux voyageurs en partance pour les contrées où la typhoïde est endémique. La protection qu'il confère se limite à la fièvre typhoïde à l'exclusion des paratyphoïdes et des autres salmonelloses.
Des vaccins vivants administrés par voie orale sont (toujours) à l'étude.

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